Dem Honig werden mehr gesundheitsfördernde Eigenschaften und Wirkungen zugeschrieben, als wissenschaftlich belegbar sind. Nicht absprechen kann man dem Honig eine desinfektiöse Wirkung, die durch zahlreiche Untersuchungen in afrikanischen Ländern belegt sind.
Die Schweizer Untersuchungsanstalt Liebefeld hat festgestellt, dass Honig mindestens zwölf verschiedene Stoffe enthält, die Krankheitserreger abtöten können. Auch beim Erhitzen des Honigs bleiben diese Bakterienkiller aktiv, so dass man dem alten Hausmittel »heiße Milch mit Honig« durchaus Wirkungen gegen Erkältungen zusprechen kann. Durch zu starkes Erhitzen werden zahlreiche Enzyme zerstört. Dass der menschliche Körper auf die in Honig befindlichen Enzyme angewiesen sei, wird von Wissenschaftlern verneint. Honig ist also kein Heilmittel und darf auch nach dem Lebensmittelgesetz nicht als solches in den Handel gebracht werden.
Honig ist aufgrund seiner schnell resorbierbaren Zucker leichter verdaulich und bekömmlicher für Magen und Darm als normaler Haushaltszucker. Er ist jedoch auch besonders kariesfördernd, da er durch seine Klebrigkeit lange an den Zähnen haften bleibt. Bedingt durch seinen hohen Kaloriengehalt (300 kcal/100 g) ist es ratsam, Honig ebenso wie Zucker in Maßen zu genießen.
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