Seit 1977 versuchen viele Imkereien gegen eine kaum heilbare Bienenkrankheit anzugehen, die durch eine Milbenart übertragen wird und ursprünglich nur bei indischen Honigbienen auftrat. Mit der Einfuhr fremder Bienenrassen wurde sie auf unsere heimische Honigbiene übertragen, die keinen natürlichen Schutz gegen diese Krankheit besitzt.
Mit den verschiedensten Wirkstoffen versucht man ihr Herr zu werden. Eines der ältesten Mittel auf dem Markt, »Folbex VA neu«, enthält den Wirkstoff Bromprophylat, der bei unsachgemäßem Umgang in den Honig gelangen kann. In anderen Staaten kommen auch Arzneimittel zur Anwendung, die bei uns verboten sind. Hierzu zählt Klartan, das den Wirkstoff Fluvolinat enthält. Diese Substanz gehört zur Gruppe der Pyrethroide , die in ähnlicher Form als natürliche Stoffe ( Pyrethrum ) aus dem Extrakt von Chrysanthemenblüten gewonnen werden. Inzwischen wird der größte Teil der Pyrethroide synthetisch hergestellt.
Der so erzeugte Wirkstoff hat jedoch vom natürlichen Vorbild deutlich unterscheidbare Eigenschaften: Er ist lichtbeständiger, baut sich nur langsam ab und bleibt dadurch lange wirksam. Der Stoff reichert sich im Körper an und kann zu schweren neurologischen Störungen führen. Seit 1991 ist vom Bundesgesundheitsamt das Mittel Apitol zugelassen, obwohl es in Imkerkreisen umstritten ist. Wie bei manchen Schadstoffen kann auch bei den Arzneimitteln Folbex und Perizin ein Übergang des Wirkstoffs vom Wachs in den Honig stattfinden.
Auch wenn die Hohenheimer Bienenanstalt 1993 feststellte, dass »drei Viertel des deutschen Honigs frei von nachweisbaren Rückständen der Vorratsbekämpfung ist«, sollten verstärkt biologische Methoden zur Schädlingsbekämpfung zum Einsatz kommen. So werden von ökologisch orientierten Imkern Ameisensäure und Milchsäurepräparate verwendet, oder die befallene Drohnenbrut wird entfernt und Bacillus-thuringiensis-Präparate werden zur Wachsmottenbekämpfung verwendet.
Ende der achtziger Jahre wurde das in Deutschland verbotene und krebserregende Milbenbehandlungsmittel Chlordimeform (Grenzwert 0,01mg/kg) in chinesischem Importhonig nachgewiesen. Die Einfuhr wurde gestoppt und bereits gelieferte Ware zurückgeschickt. Sieben Jahre nach Tschernobyl werden nur noch sehr schwache radioaktive Belastungen in einheimischen Honigen gemessen, Blütenhonige sind praktisch unbelastet: Alle Proben des Erntejahres 1992 lagen unterhalb der Nachweisgrenze von 20 Bq/kg. Auch die Mehrzahl der Honigtauhonige ist belastungsfrei.