Die Kaffeebohne enthält sehr geringe Konzentrationen an toxischen Schwermetallen: Der Quecksilbergehalt liegt in der Regel an der Nachweisgrenze, während Blei- und auch Cadmiumgehalte meistens darunter liegen.
Obwohl eine Vielzahl von Schimmelpilzarten auf grünem Kaffee vorkommen können, werden deren Gifte, die Mykotoxine, nur selten nachgewiesen. Toxine finden sich auch nur in so stark verschimmelten Kaffeeproben, die allein schon aufgrund ihres abstoßenden Aussehens für den Genuss kaum noch in Frage kommen.
In einer Konzentration von 1,5 Gramm je Kilogramm Kaffeebohnen hemmt das Koffein die Biosynthese einiger Pilzgifte (Aflatoxine) vollständig. Koffein – dieser wegen seiner pharmakologischen Wirkung schon lange bekannte Inhaltsstoff – besitzt nämlich ein breites fungizides (schimmelabtötendes) Spektrum und außerdem herbizide (pflanzenschädigende) und insektizide (insektentötende) Eigenschaften.
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