Die auf den Plantagen eingesetzten Pestizide gefährden den Verbraucher kaum, da sie meist nicht in die Kaffeebohne gelangen. Vielmehr sind Mensch und Umwelt vor Ort betroffen, weil in den Erzeugerländern teilweise Pestizide eingesetzt werden, deren Anwendung in Deutschland bereits seit Jahrzehnten verboten ist. Ungeachtet dieser Tatsache machen einige deutsche Hersteller mit dem Export solcher Pestizide in Länder der Dritten Welt ein gutes Geschäft. Nur selten werden die Sicherheitsbestimmungen bei der Anwendung solcher Pestizide beachtet, da die Arbeiter wenig geschult sind und oft nicht lesen können.
Die Pflücker, vor allem Frauen und Kinder, sind den Giften auf den Kaffeeplantagen meist schutzlos ausgeliefert. Aufgrund fehlender Informationen werden nach der Pestizidbespritzung der Kaffeepflanzen die erforderlichen Wartezeiten häufig nicht eingehalten. Die Folgen dieser Gifteinsätze für die Arbeiter sind allergische Reaktionen der Haut und der Schleimhäute sowie schwere Vergiftungen.
Einige Roh- und Röstkaffees wurden nach Rückständen eingesetzter Schädlingsbekämpfungsmittel auf Chlorkohlenwasserstoffbasis untersucht. In Röstkaffee sind diese fast vollständig abgebaut, und es wurden nur so unbedeutende Restmengen gefunden, dass man heute wegen deren Geringfügigkeit weitestgehend auf eine Untersuchung der Kaffeeaufgüsse verzichtet. Die in der Kaffeekirsche liegenden Kaffeebohnen sind durch den Schutz der Schalen kaum Spritzmitteln ausgesetzt, und außerdem können Pestizide wegen ihrer geringen Wasserlöslichkeit kaum in den Aufguss gelangen. Ob allerdings die Folgeprodukte der beim Rösten abgebauten Pestizidrückstände gesundheitlich völlig unbedenklich sind, kann nicht mit letzter Sicherheit bestätigt werden.