Sterile Milch kann man allenfalls im Kuheuter erwarten. Schon unmittelbar nach der Gewinnung der Milch befinden sich in ihr Keime aus der Luft, der Zitzenoberfläche, dem Zitzenkanal und dem Melkgerät. Milch ist ein günstiges Milieu für Mikroorganismen, die aber nicht alle die sensorische und ernährungsphysiologische Qualität der Milch verschlechtern. Bei Raumtemperatur können schon nach zehn Stunden mehr als eine Million Keime je Milliliter unbehandelter Milch nachgewiesen werden, wobei die gesundheitlich unbedenklichen Milchsäurebakterien die weniger harmlosen Bakterien »in Schach halten«.
Durch die Zentralisierung der Milchverarbeitungsbetriebe sind die Wege vom Erzeuger zur Molkerei erheblich länger geworden. Die Folge ist ein langsamerer Abholrhythmus, meist nur noch alle zwei Tage. Um die Milch über diese Zeit in einem guten Zustand zu erhalten, muss die Anfangskeimzahl möglichst niedrig sein und die Vermehrung durch Kühlung auf 4 °C bis 6 °C verlangsamt werden. Dabei findet eine bemerkenswerte Veränderung der Milchkeimflora statt: Kohlenhydratabhängige Milchsäurebakterien werden unterdrückt, dagegen erlangen eiweiß- und fettspaltende Verderbniserreger das Übergewicht. Sensorische und ernährungsphysiologische Qualitätseinbußen sind die Folge. Die von diesen Bakterien gebildeten Enzyme bleiben zum Teil sogar in der ultrahocherhitzten Milch aktiv und können zu Geruchs- und Geschmacksveränderungen führen. Häufigste Ursache einer mikrobiellen Besiedlung der Konsummilch und der Milchprodukte ist die Sekundärkontamination, das heißt ein nach der Hitzebehandlung erfolgter Bakterienbefall, wie er durch mangelhafte Hygiene oder undichte Systeme in der Molkerei erfolgen kann.
So sind Staphylokokken-Vergiftungen nach dem Verzehr von H-Milch und gelegentlich auch nach dem Genuss von Käse aufgetreten. Ursachen für die Kontamination lagen in der Milchabfüllung bzw. in der ungenügenden Säuerung des Käsebruchs.
Die Kontrolleure der amtlichen Lebensmittelüberwachung beanstandeten bei Milch und Milchprodukten oft eine überzogene, zu weit datierte Mindesthaltbarkeitsangabe, wenn die entsprechenden Produkte bereits vor Ablauf der angegebenen Zeit verdorben waren.
Salmonelleninfektionen durch Milch und Milchprodukte sind relativ selten; sie treten etwa nach dem Verzehr von salmonellenverseuchter Rohmilch oder von Frischkäse aus Ländern mit niedrigem Hygieneniveau auf. Häufiger findet man Salmonellen im Milchpulver. Zur Kontamination kommt es meist durch salmonellenhaltigen Staub, der mit der Kühl- und Transportluft von den Dächern der Milchwerke in die Produktionsanlagen gelangt. Hier können sich Salmonellen an Feuchtstellen festsetzen und vermehren.
Die Kontamination der Milch mit Listerien erfolgt bei Mastitis bereits im Kuheuter. Diese Bakterien überleben die in manchen Ländern angewandte niedrige Pasteurisationstemperatur von 71 °C und können so in den für den Export bestimmten Käse gelangen. In den letzten Jahren erkannte man als Hauptkontaminationsquellen die Leitungen und Gerätschaften in den Molkereien. Besonders gefährdet hinsichtlich der Vermehrung von Listerien sind Käse mit einem hohen Wassergehalt wie Weichkäse und solche, die während der Reifung an Säure verlieren (Schimmelkäse, Camembert, Brie). Während Listerien sich bei Kühlschranktemperaturen weiter vermehren können, ist ihre Vermehrung in saurem Milieu gehemmt. Das Vorkommen von Listerien im Käse ist inzwischen rückläufig. Um einer Listeriose vorzubeugen, genügt meist das Entfernen der Rinde. Listerien können beim Menschen akute und chronische Erkrankungen bis hin zur Hirnhautentzündung verursachen. In der Schwangerschaft kann es zur Schädigung des Fötus kommen. Eine Erkrankung durch Listeriabakterien tritt im Allgemeinen nur bei Menschen mit herabgesetzter Immunabwehr auf, also auch bei Schwangeren, älteren Menschen und Kindern.
Bacillus-Arten können in ihrer Übergangsform, als Sporen, die Hitzebehandlung der Milch überdauern und aufgrund mangelnder Konkurrenzkeime wie Milchsäurebakterien bei Kühltemperaturen heranreifen. Die von Bacillus-Bakterien abgesonderten Toxine können zu Lebensmittelvergiftungen führen. Die Auswirkungen für den Menschen sind je nach Spezies und Toxin Hautausschlag, Durchfälle oder Gewebeschädigungen.
Biogene Amine wie Histamin, Serotonin und Dopamin entstehen im pflanzlichen und tierischen Organismus durch mikrobiellen Umbau von Aminosäuren. Sie erfüllen vielfältige Funktionen als Hormone, Überträgerstoffe zwischen Nervenzellen und deren Zielorgan oder bei der Regulierung von Blutdruck und Stoffwechselvorgängen. Durch mikrobielle Vorgänge bei der Lagerung oder beim Verderb sowie bei der Herstellung von Sauermilchprodukten vor allem aber bei der Reifung von Käse können biogene Amine entstehen. Die wichtigsten im Käse sind Histamin, Tyramin, Tryptamin, Putrescin und Cadaverin. Daneben kann vor allem Milchpulver stark mit biogenen Aminen belastet sein, die sich während der Herstellung bilden.
Bei Aufnahme geringer Mengen biogener Amine über den Magen-Darm-Trakt werden diese vom Enzymsystemen des Körpers abgebaut, ohne dass Symptome auftreten. Für Histamin gilt eine Aufnahme von 5 bis 40 Milligramm/Tag als leicht, eine Dosis von 1500 bis 4500 Milligramm/Tag als stark toxisch. Auswirkungen einer Intoxikation durch biogene Amine können Hautausschläge, Quaddeln, Kreislaufbeschwerden, Blutdruckanstieg, Kopf- und Magenschmerzen und Migräneanfälle sein.
Auch in Schmelzkäse wurden biogene Amine in höheren Mengen gefunden. Ein Grund dafür wäre, dass Schmelzkäse im allgemeinen aus Rohstoffen minderer Qualität hergestellt wird.