Ein wichtiges Merkmal von Mineralwasser ist seine gesetzlich geforderte Reinheit. Der Begriff »natürliche Reinheit« darf aber nicht als Nulltoleranz, das heißt als völliges Freisein von Schadstoffen verstanden werden. Aufgrund der allgemeinen Umweltverschmutzung und hochempfindlicher Nachweismethoden ist absolute Reinheit ohnehin nicht mehr zu haben. Eben sowenig ist der Begriff »natürliche Reinheit« als Gütesiegel zu verstehen. Schließlich wurden in verschiedenen Mineralwässern schon Nitratgehalte von mehr als 10 Milligramm pro Liter und vereinzelt auch Rückstände von Pestiziden nachgewiesen. Werden in einem natürlichen Mineralwasser Schadstoffe gefunden, kann das für den Mineralwasserbrunnenbetrieb weit reichende Konsequenzen haben. Natürliches Mineralwasser darf nämlich nicht wie Trinkwasser mittels Reinigungs- und Entkeimungsverfahren aufbereitet werden. Erlaubt sind nur das Entfernen von Eisen und Schwefel und der Entzug oder Zusatz von Kohlensäure.
Umfangreiche Untersuchungen zeigen, dass Wasser in Flaschen nicht immer hält, was das Etikett verspricht, da einige Schadstoffe schon in tiefer gelegene Mineralwasservorkommen vorgedrungen sind. Im Mineralwasser können also ebenso wie im Trinkwasser Schadstoffe enthalten sein. Die Belastung von Trinkwässern mit dem radioaktiven Isotop Radium 226 liegt nach einer Studie des Bundesgesundheitsamtes »im Schwankungsbereich der gesamten natürlichen Strahlungsexposition«. In einigen Mineralwässern kann dieses radioaktive Isotop allerdings in Konzentrationen vorkommen, die schon bei durchschnittlichem Konsum eine Belastung in Höhe der Grenzwerte der Strahlenschutzverordnung darstellen. Radium 226 verhält sich ähnlich wie der für den menschlichen Organismus wichtige Mineralstoff Calcium: Es wird in die Knochen eingelagert, wodurch es für Säuglinge und Kleinkinder eine häufig unterschätzte Gefahr darstellt. Bisher sieht die Mineralwasserverordnung jedoch für radioaktive Stoffe keine Grenzwerte vor. Kritische Wissenschaftler fordern einen Orientierungswert von 48 Millibecquerel.
Die meisten Beanstandungen beim Mineralwasser kommen vom Verbraucher. Juristisch lässt sich jedoch ein Verschulden des Herstellers oft schwerlich nachweisen, da die Flaschen in der Regel durch den Verbraucher geöffnet wurden. Obwohl Mineralwasser das einzige genehmigungspflichtige Lebensmittel in Deutschland ist und täglich kontrolliert werden muss, lässt die Zahl der Beschwerdeproben auf unzureichende Kontrollen einiger Produzenten schließen.
Die Aufnahme von Kochsalz (NaCl) durch Mineralwasser ist abhängig von den jeweiligen Anteilen an Natrium und Chlorid. Beide Ionen liegen im Wasser wie auch nach der Aufnahme im Organismus in gelöster Form vor. Dabei stehen den Natriumionen nicht unbedingt eine gleiche Anzahl an Chloridionen gegenüber. Es herrscht noch keine endgültige Klarheit darüber, ob der blutdrucksteigernde Effekt von Kochsalz auf die Natrium oder die Chloridionen zurückzuführen ist. Im Übrigen ist die Aufnahme von Kochsalz durch Mineralwasser im Vergleich zu anderen Lebensmitteln wie Brot, Fleischwaren und Käse relativ gering.
Mineralwasser ist sicher eine gute Alternative zu Limonaden, Fruchtsäften und anderen Erfrischungsgetränken. Zu empfehlen ist es besonders für Selbstversorger, deren Trinkwasser Nitratgehalte über 50 mg/Liter aufweist oder die ein weiches und saures Wasser aus Kupferleitungen entnehmen, sowie für die Säuglingsernährung. Solches Mineralwasser sollte den Hinweis »für die Säuglingsernährung geeignet« tragen, damit durch die ausschließliche Verwendung speziell dieser gekennzeichneten Mineralwässer zu hohen Salzbelastungen des jungen Organismus von Kleinkindern vorgebeugt werden kann.
Trotz allem bleibt Trinkwasser das bestuntersuchte und am häufigsten kontrollierte Lebensmittel. Das Umsteigen auf Mineral- und Tafelwasser zur Zubereitung von Speisen und Getränken ist weder gesundheitlich erforderlich noch finanziell sinnvoll.