Die Schwermetallgehalte in Dotter und Eiklar liegen in der Regel weit unter den Richtwerten für Blei (0,25 mg/kg), Cadmium (0,05 mg/kg) und Quecksilber (0,01mg/kg). Wie Untersuchungen gezeigt haben, lagern sich im Futter vorhandene Schwermetalle überwiegend in den Innereien der Legehennen ab.
Da Eidotter im Gegensatz zu Eiklar fettreich sind, können sich in ihnen fettlösliche Substanzen wie chlorierte Kohlenwasserstoffen (z. B. Aldrin, Dieldrin, Lindan) anreichern. Mitte der siebziger Jahre wurden hohe Konzentrationen dieser Pestizide in Eiern gefunden. Quelle der Kontamination waren die Futtermittel. Inzwischen hat sich einiges geändert: Die Anwendung von Stoffen wie Aldrin, Dieldrin und DDT ist untersagt, und für Umweltchemikalien in Futtermitteln wurde in der Futtermittelverordnung von 1976 eine Höchstmengenregelung erlassen. Während bei Eiern, Milch und Fleisch in den letzten Jahren eine Abnahme der Rückstände von chlorierten Kohlenwasserstoffen zu verzeichnen war, ist das Problem bezüglich importierter Futtermittel noch nicht gelöst.
Anfang der achtziger Jahre wurde Perchlorethylen (PER) im Fettgewebe von Hennen und in ihren Eiern entdeckt. Das als Lösungsmittel eingesetzte PER war als Rückstand aus der Herstellung in den Futtermitteln für Legehennen verblieben. Heute werden nur noch selten PER-Rückstände in Futtermitteln festgestellt, da man inzwischen auf andere Lösungsmittel zurückgreift.
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