Deutschland produziert etwa 89 Prozent des Gesamtfutteraufkommens selbst, importiert jedoch vor allem eiweißreiches Futter. So liefern die elf Prozent importiertes Futter etwa 22 Prozent des insgesamt verfütterten, verdaulichen Eiweißes. Aus Nord- und Südamerika importiertes Soja spielt hierbei vor allem bei Schweinen und Geflügel eine wichtige Rolle.
Beim Einsatz von Pflanzenschutzmitteln können Rückstände in den Futtermitteln verbleiben. Die Gefahr besteht, dass diese die Gesundheit oder Ertragsleistung von Nutztieren beeinträchtigen können. Auch ist teilweise nicht auszuschließen, dass Rückstände in die tierischen Produkte übergehen und somit von Menschen aufgenommen werden. Einige der verwendeten Insektizide und Fungizide stehen im Verdacht, krebserregend zu sein und das Zentralnervensystem zu beeinträchtigen. Auf Grundlage von Analysen des Bundesinstituts für Risikobewertung werden nun auch für Futtermittel Rückstandshöchstgehalte festgelegt.
Da die Pflanzenschutzmittel sich überwiegend im Fettgewebe der Schlachttiere anreichern, werden sie beim Braten mit der Fettphase zum großen Teil ausgeschmolzen. Bratenfett kann daher besonders hohe Konzentrationen von Pestiziden und deren Abbauprodukten enthalten. Auch bei der Herstellung tierischer Fette können sie in das Endprodukt übergehen. Tierische Fette sind durchweg höher mit Pestizidwirkstoffen belastet als Pflanzenfette.
Problematisch sind auch Verunreinigungen mit polychlorierten Biphenylen (PCB) im Tierfutter. PCB ist aufgrund seines breiten Einsatzes beispielsweise in Papierbeschichtungen, Klebstoffen und vielem mehr ubiquitär in der Umwelt verteilt, so dass Belastungen in Futtermitteln auftreten und über Fleisch und Milch in den menschlichen Organismus gelangen können. Obwohl bereits seit 1972 eine Beschränkung auf geschlossene Systeme vorgeschrieben ist, gelangen vor allem über das Abwasser nach wie vor erhebliche Mengen in die Umwelt. Die möglichen gesundheitlichen Folgen reichen von Müdigkeitserscheinungen bis hin zu Wachstumsverzögerungen bei Kleinkindern.
Anders als die zahlreichen organischen Verbindungen aus der Umwelt sind Schwermetalle wasserlöslich. Von den Nutztieren werden sie über kontaminierte Futtermittel aufgenommen und zum größten Teil wieder ausgeschieden. Lediglich die inneren Organe wie Leber und Nieren sind stärker belastet. Hierbei spielt das Alter der Tiere eine große Rolle, da sie im Laufe ihres Lebens immer mehr Schwermetalle in Leber und Nieren speichern. Rinderlebern werden nicht mehr in den Verkehr gebracht, sobald das Tier 24 Monate alt ist. Deutlich stärker als Nutztiere sind wild lebende Tiere mit Schwermetallen belastet. Es wird daher empfohlen, Innereien wildlebender Tiere nur gelegentlich zu verzehren.
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