Da Tierarzneimittel in der Hühnerhaltung dem Futter oder Trinkwasser zugesetzt werden, nehmen auch gesunde Tiere entsprechende Mengen des jeweiligen Wirkstoffs auf. Das Arzneimittelgesetz schreibt vor, dass beim Einsatz von Arzneimitteln bestimmte Wartezeiten nach der Verabreichung eingehalten werden müssen, bis keine Arzneimittelrückstände mehr nachweisbar sind und die Eier der behandelten Hühner wieder verkauft werden.
Die missbräuchliche Verwendung des Arzneimittels Chlorumphenicol, einem Breitbandantibiotikum, in der Legehennenhaltung in den siebziger und Anfang der achtziger Jahre hat 1983 zu einem Verbot solcher Behandlung geführt. Seither gilt für Chloramphenicolrückstände in Eiern und Eiprodukten ein Grenzwert von 0,001 mg/kg. Von den Lebensmittelüberwachungsbehörden wurden 1992 keine Verstöße gegen diese Vorschrift festgestellt.
Gegen den Befall von einzelligen Parasiten werden bei Legehennen so genannte Coccidiostatica eingesetzt, eine der wenigen Ausnahmen im Futtermittelgesetz, aufgrund der eine Arzneimittelgabe mit dem Futter ohne Verschreibung durch den Tierarzt erlaubt ist. Zu dieser Gruppe von Medikamenten gehört das Mittel Amprolium, welches gleichzeitig noch erwünschte Nebeneffekte besitzt: Es wirkt wachstumsfördernd und verstärkt die gelbe Farbe des Eidotters. Amprolium nimmt deshalb auch eine gewisse Sonderstellung ein, da es sowohl als Futtermittelzusatzstoff als auch als Arzneimittel zugelassen ist. Während beim Zusatz zum Futtermittel drei Tage Wartezeit bis zur Vermarktung der Eier eingehalten werden müssen, ist bei der Verwendung als Arzneimittel keine Wartezeit vorgeschrieben, was dazu führt, dass die Lebensmittelüberwachung keine Möglichkeit hat, zu hohe Amproliumrückstände zu beanstanden, da die Hersteller die Rückstände jederzeit unter Hinweis auf eine Arzneimittelbehandlung rechtfertigen können.