Zunächst befreit man die Samen von Frucht- und Samenschale (Silberhaut). Anschließend werden die Bohnen auf Gestellen im Freien getrocknet; in größeren Betrieben gibt es Trocknungsanlagen. Die Bohnen können mehrere Jahre lang im Anbaugebiet gelagert werden, wenn es die Marktsituation erfordert.
Farbe und Aroma des Kaffees entstehen erst durch den Röstprozess, dem die ursprünglich fast weißen Rohbohnen unterzogen werden. Heller Arabica-Kaffee, wie man ihn hauptsächlich in Mitteleuropa und in den USA wünscht, wird etwa 10 bis 15 Minuten lang bei einer Temperatur von 220 °C geröstet. Bei dunkelgebrannten südeuropäischen Kaffees wird die Rösttemperatur, je nach Geschmacksrichtung, auf 250 °C erhöht.
Bei Röstprozessen bilden sich stets auch polycyclische aromatische Kohlenwasserstoffe (PAK), von denen das krebserzeugende 3,4-Benz(a)pyren der bekannteste Vertreter ist. Die Konzentrationen von Benz(a)pyren in aufgebrühtem Kaffee sind sehr unterschiedlich. Bei gewöhnlichem Röstkaffee wurden bis zu 0,005 µg pro Tasse Kaffee (150 ml) gemessen, in Kaffee-Ersatz sogar bis zu 0,015 µg pro Tasse.
Eine Höchstmengenregelung für Benz(a)pyren in Kaffee existiert nicht. Als Vergleich mag die geltende Höchstmenge von 1 µg/kg Lebensmittel für Fleischwaren und Käseerzeugnisse herangezogen werden. Niedrigere Gehalte werden heute durch eine reine Konvektionsröstung erreicht, bei der die Kaffeebohnen in erwärmter Luft in der Schwebe geröstet werden. Überhitzung und Reaktionen mit Bestandteilen von Abgasen werden dabei vermieden. Eine Untersuchung der Zeitschrift Ökotest aus dem Jahre 1990 ist nur auf vergleichsweise unproblematische Mengen, unter 0,02 µg PAK/ Liter Kaffee gestoßen.