Bei der gesundheitlichen Bewertung der mit Mikrowellengeräten zubereiteten Speisen stellt sich die Frage nach möglichen Veränderungen der Lebensmittelinhaltsstoffe sowie der Entstehung neuer Substanzen. Wie bei allen Erhitzungsverfahren ist das Ausmaß der Veränderung von Inhaltsstoffen von der Garzeit, der Konsistenz der Speise und anderen Faktoren abhängig.
Untersuchungen zeigen kaum Unterschiede zwischen Mikrowellengarung und konventionellen Garverfahren hinsichtlich des Vitamingehaltes der Nahrung. Die Auslaugverluste sind bei konventionellen Garverfahren höher. Unbestritten ist, dass es im mikrowellenbestrahlten Lebensmittel zu einer Reihe chemischer Veränderungen kommt. Unklar ist aber, wie diese Veränderungen im Vergleich zu konventionellen Erhitzungsverfahren zu bewerten sind.
Das Bundesamt für Strahlenschutz (BfS) hat mehrere hundert experimentelle Forschungsarbeiten über Aspekte der Mikrowellenbehandlung von Lebensmitteln ausgewertet. Als Ergebnis wurde festgestellt, dass bedenkliche Veränderungen der Lebensmittel auftreten können, wenn die speziellen Garvorschriften für Mikrowellenherde nicht beachtet werden und es zu einer Überhitzung oder nicht ausreichenden Erwärmung der Speisen kommt. Nach Ansicht des BfS ist die Mikrowellenbehandlung von Lebensmitteln bei Einhaltung aller Vorschriften auf keinen Fall schädlicher als konventionelle Zubereitungsverfahren.
Anders beurteilt allerdings die EU-Kommission die Auswirkungen auf mikrowellenbestrahlte Lebensmittel. Nicht unangefochtenen Forschungsergebnissen zufolge kann sich die Molekularstruktur der Aminosäuren verändern, die im Eiweiß von Lebensmitteln tierischen Ursprungs enthalten sind. Dies lasse insbesondere für Kleinkinder und Säuglinge potentiell schädliche Auswirkungen für die Gesundheit befürchten.
Hinsichtlich des Energieverbrauchs liegen Mikrowellengeräte nur bei der Zubereitung kleiner Mengen unter derjenigen vergleichbarer Elektroherde. Die Mikrowelle benötigt im Allgemeinen bei Zubereitungsmengen von bis zu 1.000 Gramm weniger Energie als der Elektroherd. Glaskeramik-Kochfelder können jedoch bereits ab 500 Gramm im Energieverbrauch günstiger abschneiden. Auch hinsichtlich der zeitlichen Vorteile bei der Zubereitung ist die Mikrowelle meist nur bei kleinen Mengen bis zu 400 Gramm besser.
Die deutlichsten Zeiteinsparungen ergeben sich bei Aufläufen und Gratins mit einer Zeiteinsparung zwischen 50 und 70 Prozent. Die Aussagen der Hersteller bezüglich der Zubereitungszeit und des Energieverbrauchs sind also im Einzelfall kritisch zu hinterfragen und unter dem Aspekt des individuellen Bedarfs zu relativieren.