Ein Ziel der Anwendung gentechnischer Verfahren ist die Senkung von Produktionskosten durch die Verkürzung von Reifungszeiten bei der Käseherstellung. In Experimenten werden Milchsäurebakterien in ihrem Erbgut so verändert, dass der bislang teilweise mehrere Monate dauernde Prozess der Aromaentwicklung beschleunigt wird. Dem Bakterium Lactococcus lactis wurde dazu das Gen eines Virus übertragen, der die zellwandauflösende Substanz Lysozym bildet. Damit hofft man die Tätigkeit der Mikroorganismen im Käse vorteilhaft zu beeinflussen.
Wegen der großen Bedeutung von milchzucker-, eiweiß- und fettabbauenden Enzymen (Lactase, Proteasen und Lipasen) bei der Käsereifung ist die gentechnische Forschung bemüht, Starterkulturen zu entwickeln, die diese Enzyme in der optimalen Menge produzieren. Ist das gewährleistet, kann auf die Zugabe solcher Enzyme im Nachhinein verzichtet werden.
In den USA wird zur Herstellung von Hartkäse das gentechnisch erzeugte Labferment Chymosin eingesetzt; schätzungsweise etwa 35 Prozent des Hartkäses werden heute damit produziert. Auch in Deutschland kann die Anwendung von Chymosin zur Käseherstellung auf Antrag genehmigt werden.
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