Die Schwermetallbelastungen in Kakao und seinen Erzeugnissen sind in den letzten Jahren zurückgegangen. Dies wird zum einen auf strengere Kontrollen, zum anderen auf den Einsatz neuer Kakaosorten zurückgeführt. Erwähnt werden müssen immer noch relativ hohe Gehalte an Cadmium. Kakaobäume haben die Eigenschaft, Cadmium bevorzugt aus den Böden aufzunehmen und anzureichern. Hinzu kommt, dass einige wertvolle Kakaosorten in Ecuador und Venezuela auf cadmiumreichen Böden wachsen. Von dieser natürlichen Cadmiumbelastung sind folglich insbesondere die Schokoladensorten betroffen, die einen hohen Anteil von bis zu 40 Prozent Kakaomasse aus Edelkakaosorten enthalten. Diese Schokoladen liegen häufig über dem unverbindlichen Richtwert für Cadmium von 0,1 Milligramm pro Kilogramm.
Auch der mittlere Nickelgehalt von 8,8 mg/kg ist im Vergleich mit anderen Lebensmitteln hoch. Zwar gilt Nickel in der Ernährung als essentielles Metall, aber in zu großen Mengen wirkt es toxisch. Bei hoher Nickelaufnahme können bei empfindlichen Personen allergische Reaktionen auftreten. Hiervon sind Frauen rund zehnmal häufiger als Männer betroffen.
In Kakaopulver wurden hohe Eisengehalte von durchschnittlich 280 Milligramm je Kilogramm gefunden. Das Eisen stammt vermutlich unter anderem aus der Verarbeitung des Kakaos und dürfte bei einem normalen Verbrauch von Kakaopulver keine gesundheitlichen Auswirkungen haben.
Die Belastung mit Pestiziden ist zurückgegangen. Die aktuell gemessenen Rückstände liegen in der Regel weit unter den festgesetzten Grenzwerten. Nicht bekannt dagegen sind Umfang und Art der Vorratsschutzmittel, die in den Erzeugerländern angewendet werden und dort für ökologische Probleme sorgen.
Dass Schokolade in bestimmten Verkaufsstellen, zum Beispiel in Zeitschriftenkiosken und in Tankstellen, mit Benzol und Toluol belastet sein kann, wurde erstmals vor einigen Jahren in einer Untersuchung des Bundesgesundheitsamtes und der Universität Berlin herausgefunden. So können die in Kiosken verkauften druckfrischen Zeitungen und Zeitschriften bestimmte benzol- und toluolhaltige Lösungsmittel an die Umgebungsluft abgeben, die dann in die Schokolade übergehen und sich dort in beachtlichen Konzentrationen nachweisen lassen. Während bei Kiosken mit Zeitschriftenverkauf vor allem Toluolrückstände in der Schokolade nachgewiesen wurden, gab es in den Schokoladen aus den Shops der Tankstellen auch noch Benzolrückstände.
Nicht nur vom Menschen werden die vielen Schokoladenerzeugnisse geliebt und verzehrt, sondern auch eine Reihe von vielbeinigen und geflügelten Lebewesen findet Gefallen daran: Maden, Larven und Motten befallen Schokolade, und Schimmelpilze setzen sich auf Pralinen. Schädlingsbefall bei Schokolade tritt hauptsächlich im Sommer und Herbst auf.