Die Schadstoffbelastung der Margarine ist relativ gering, da meist raffinierte Öle zu ihrer Herstellung verwendet werden. Allerdings können trans-Fettsäuren bei der Fetthärtung an den Nickelkatalysatoren entstehen.
Die Wirkung der trans-Fettsäuren für die Gesundheit ist umstritten. Ernährungsphysiologisch sind trans-Fettsäuren nicht besser als gesättigte zu bewerten, denn sie haben im Körper nicht mehr die Wirkung der essentiellen Fettsäuren. Sie stören sogar die Stoffwechselprozesse sowie Aufbau und Funktion der Körperzellen. Möglicherweise sind sie an der Ausbildung von Darmentzündungen beteiligt.
Zur Margarineherstellung bedarf es vieler Zusatzstoffe. Emulgatoren sind notwendig, um Fett- und Wasserphase überhaupt mischen zu können. Die Emulsion muss häufig durch Stabilisatoren haltbar gemacht werden, und bei hohem Wasseranteil in der Margarine (Halbfettmargarine) ist die Zugabe des Konservierungsstoffes Sorbinsäure notwendig. Die Vitamine A und D und das Provitamin ß-Carotin werden zur Vitaminisierung und Färbung der Margarine zugesetzt.