Da die Biene nicht zwischen giftigem und ungiftigem Nektar unterscheiden kann, gelangen auch toxische Stoffe in den Honig. Besonders in Rhododendren- und Azaleennektaren sind Toxine (Grayanotoxine) enthalten, die zu Übelkeit und Blutdruckabfall führen können.
Tutin, das aus der neuseeländischen Tuta-Pflanze in den Honig gelangt, führt zu Erbrechen, Krämpfen und Bewusstlosigkeit. Es ist überliefert, dass im Jahre 67 v. Chr. Soldaten des römischen Konsuls Pompejus nach dem Genuss von »pontischem Honig« kampfunfähig besiegt wurden. Zu den in Deutschland häufigen Blüten mit giftigem Nektar gehören Tabak, Oleander, Jasmin, Bilsenkraut und Wolfsmilchgewächse. In Mitteleuropa sind Vergiftungen durch Honig sehr unwahrscheinlich, weil es reine Honige aus diesen Sorten nicht gibt und die vorhandenen toxischen Belastungen zu vernachlässigen sind.
Der hohe Zuckeranteil des Honigs, der geringe Wassergehalt und der niedrige pH-Wert sowie die hohe Viskosität begrenzen im Allgemeinen die Entwicklung von Mikroorganismen . Erfreulich ist, dass Krankheitserreger, insbesondere Sporen oder Toxine von Clostridium botulinum, in Proben von deutschen Handelshonigen nicht nachgewiesen werden konnten.