Man befürchtet vielfältige Risiken gesundheitlicher und ökologischer Art, sei das beim Verzehr von Fischen oder durch die Freisetzung von genmanipulierten Fischen in die Natur.
So wird es für möglich gehalten, dass Wachstumshormone auch im verzehrsfertigen Fisch vermehrt auftreten. Eine diesbezügliche Bewertung dieser Stoffe ist noch nicht abgeschlossen. Zu einem gesundheitlichen Risiko können beispielsweise auch Viren werden, die die Übertragung von Erbgut vermittelt haben und intakt geblieben sind. Zudem dürfte eine Steigerung des Wachstums der Fische über das natürliche Maß hinaus weder deren Gesundheit noch der ernährungsphysiologischen Qualität ihres Fleisches förderlich sein.
Große ökologische Risiken können sich aus der Freisetzung von transgenem oder auch polyploidem Erbgut in Form von Spermien ergeben; dasselbe gilt für Eizellen oder auch für voll entwickelte Fische. Die Auswirkungen auf natürliche Fischpopulationen und die Ökosysteme insgesamt halten Experten für bislang nicht abschätzbar. Negative Effekte könnten beispielsweise Verschlechterungen in der Nahrungskette sein, die den Sauerstoffgehalt des Wassers beeinflussen und zur Veränderung oder Zerstörung von Lebensräumen im Wasser führen.