Heute ist es üblich, die Mikroorganismen, die für Fermentationsprozesse bei der Milchverarbeitung nötig sind, zu isolieren und zu kultivieren, um sie gezielter einsetzen zu können und Fehlgärungen zu vermeiden. So gezüchtete Bakterienstämme werden als Starterkulturen bezeichnet. Nach der Definition der Deutschen Forschungsgemeinschaft sind darunter »aufgrund spezifischer Eigenschaften selektierte, definierte und vermehrungsfähige Mikroorganismen in Reinkultur oder Mischkultur« zu verstehen.
Der gezielte Einsatz dieser wirtschaftlich bedeutenden Mikroorganismen und ihre Züchtung haben auch die Gentechnologie auf den Plan gerufen. Im Gegensatz zu traditionellen Kultivierungsverfahren ermöglicht sie es, die Eigenschaften der Starterkulturen auch über die Artgrenzen hinaus zu verändern. So können beispielsweise Aroma- oder Geschmackseigenschaften von Früchten wie der Erdbeere, die an ein bestimmtes Gen gebunden sind, auf Milchsäurebakterien zur Joghurtherstellung übertragen werden. Die auf diesem Wege hergestellten Stoffe müssen nicht als Zusatzstoffe deklariert werden.