In den Brauereien werden eine Reihe von Desinfektionsmitteln eingesetzt. Dazu gehören chlorabspaltende Substanzen wie Hypochlorite, Chloramine und Chlordioxid. Daneben finden auch Wasserstoffperoxid, Peressigsäure und verschiedene Aldehyde wie Formaldehyd Verwendung. Sie dienen der Desinfektion von Gär- und Lagertanks, Leitungen, Flaschen und Abfüllanlagen.
Einige dieser Wirkstoffe lassen sich mit Wasser nur schwer abspülen, so dass auch nach einer fachgerechten und sorgfältigen Spülung Restmengen an den behandelten Oberflächen zurückbleiben, die anschließend in das Bier gelangen können. Von diesen Rückstandsstoffen im Bier machte vor allem Bromessigsäure im Jahre 1985 Schlagzeilen. Je nach Verfahrensführung können bei der Bierherstellung geringe Mengen Formaldehyd entstehen. Außerhalb Deutschlands wird Formaldehyd auch als Stabilisierungsmittel eingesetzt.
Bei einigen Bieren enthält der Kronenkorken noch immer den problematischen Kunststoff Polyvinylchlorid (PVC) als Dichtungsmasse, obwohl inzwischen eine Reihe von Alternativen aus Polyethylen (PE) oder Polypropylen (PP) existieren.
Aluminium-Manschetten am Hals der Bierflasche sind bei den Flaschenabfüllern üblich geworden, um den Bieren über die äußere Aufmachung einen gewissen Prestigewert zu verleihen. Es handelt sich hier um eine zusätzliche Verpackung, die völlig überflüssig und nicht gerade umweltfreundlich ist. Unter dem Druck der zunehmend umweltbewusst wählenden. Verbraucher sind aber inzwischen viele Hersteller immerhin zur Papierbanderole am Flaschenhals zurückgekehrt.
Bei Flaschenbieren gibt es ein sehr gut funktionierendes Mehrwegsystem, das in Deutschland seinen Marktanteil behauptet, während EU-weit der Marktanteil von Dosenbieren stark zunimmt.