Gewürze enthalten von Natur aus eine mehr oder weniger hohe Zahl von Keimen wie Bakterien , Hefen und Schimmelpilzen. Verschiedene Mikroorganismen wie Aspergillus- und Penicilliumstämme sind in der Lage, unter bestimmten Bedingungen Mykotoxine zu bilden. Dazu gehören die krebserregenden Aflatoxine.
Besonders häufig sind Muskatnuss, Chili, Paprika und Cayennepfeffer mit Aflatoxinen belastet, das haben Lebensmitteluntersuchungsämter in Duisburg, Hamburg, Düsseldorf und Hessen wiederholt festgestellt. Nach der Aflatoxinverordnung dürfen Gewürze nicht mehr als zwei Mikrogramm Aflatoxin B1 und insgesamt vier Mikrogramm Aflatoxin B1 B2, G1 und G2 pro Kilogramm enthalten. Hersteller, die höher belastete Produkte verkaufen, verstoßen gegen das Gesetz und müssen mit Bußgeldern und im Wiederholungsfall mit härteren Strafen rechnen.
Aber nicht nur Aflatoxine, sondern auch krankheitserregende Keime wie Salmonellen können in Gewürzen vorkommen. Die letzte große Salmonellenepidemie, die durch kontaminierte Gewürze (Pfeffer) ausgelöst wurde, grassierte in den achtziger Jahren in Norwegen. Gebannt ist das Risiko indes noch nicht. Erst 1993 entdeckte das Chemische Lebensmitteluntersuchungsamt Schleswig-Holstein Salmonellen in Paprikagewürzen und in damit gewürzten Kartoffelchips.
Einen einwandfreien Keimstandard kann kein Gewürzlieferant garantieren, denn die Kontrolleure können schließlich nicht »jedes einzelne Pfefferkorn unter die Lupe nehmen«, jedoch sollten die Kontrollen bei den besonders betroffenen Gewürzsorten durch Importeure und Händler verstärkt werden. Die Risiken kennen nicht nur die Hersteller, sondern auch die Gesundheitsbehörden. Grenzwerte für Keime in Gewürzen wurden bisher jedoch nicht festgelegt, da unverbindliche Richt- und Warnwerte für ausreichend gehalten werden.