Über die von Mikroorganismen gebildeten Gifte, wie die krebserregenden Aflatoxine der Pilzgattung Aspergillus oder über die Übertragung von krankheitserregenden Bakterien und Parasiten wird bei Gemüse selten berichtet.
Spulwürmer, in tropischen Ländern die Cholera- und Typhusbakterien, gelangen gelegentlich über Fäkalien und Gülledüngung in den menschlichen Körper. Die gefährlichen Neurotoxine, die unter Luftabschluss von dem Bakterium Clostridium botulinum gebildet werden, Staphylokokken-Infektionen oder auch Salmonellen kommen sogar in selbst hergestellten Gemüsekonserven, in verzehrfertigen Salaten oder abgestandenem Kantinengemüse vor.
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